1、小程序因为受到其大小的限制，注定不能承载太多的功能，内容和复杂的交互，但可以满足用户基本的购物体验，和独立的APP相比较的话肯定有一些功能是无法满足的，比如游戏，娱乐或者是文档编辑等相关的复杂应用，这使得小程序不能完全替代APP的功能。

2、微信小程序不能主动的向用户推送信息，不会打扰用户的工作生活，但因此会削弱部分商家的推广能力，一旦用户关闭小程序，就切断了商家与用户沟通的渠道。

3、小程序不能订阅收藏，不能分享朋友圈，只能通过好友分享转发，用完退出后需要使用关键词搜索才能找到，精准搜索对于用户人群有很大的限制性。

4、小程序必须利用微信为平台才能使用,因为小程序的端口在微信内，是微信生态圈的一部分。小程序的一些不足之处，说明APP的优势依然存在，小程序暂时还不能完全取代APP。